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Compter les plantes en quadrats : scénario d'une botaniste
À retenir
Une application de comptage de plantes comme Counter App — Tally & Clicker permet à une botaniste de compter les tiges fleuries de chaque espèce dans chaque quadrat sur un téléphone Android. Les espèces deviennent des étiquettes au sein d'un compteur par quadrat, rangé sous le site, le transect et le passage, et les comptages de la saison s'exportent en CSV pour être analysés dans R ou dans un tableur.
- Counter App — Tally & Clicker peut structurer un relevé floristique en quadrats avec des catégories pour le site, le transect et le passage, un compteur par quadrat et une étiquette par espèce indicatrice.
- Une application de comptage de plantes sur Android est surtout utile pour les protocoles de comptage avec une liste d'espèces fixe, pas pour les estimations de recouvrement en pourcentage ni pour les listes d'espèces ouvertes.
- Les comptages en quadrats de Counter App s'exportent en CSV ou en Excel avec les sections facultatives « Résumé », « Événements », « Notes » et « Emplacements », prêts à être restructurés en matrice quadrats × espèces dans R.
- Verrouiller dans Counter App le compteur d'un quadrat terminé empêche les appuis accidentels de modifier les données pendant que le téléphone est en poche entre deux placettes.
- Counter App n'a pas de synchronisation en direct ; un assistant de terrain équipé d'un second téléphone partage donc ses comptages au moyen d'un ZIP de sauvegarde fusionné via un aperçu d'importation.
Ceci est un scénario d'illustration. Maren, sa prairie et tous les chiffres ci-dessous sont inventés pour montrer une méthode de travail. Rien ici ne rend compte de résultats de relevés réels.
Maren est écologue végétale et mène un petit projet de suivi sur une prairie de fauche en cours de restauration après des années de pâturage intensif. Son protocole est classique : des transects fixes, des quadrats permanents de 1 m² le long de chacun, et le comptage des tiges fleuries d'une courte liste d'espèces indicatrices lors de trois passages répartis sur la saison. Pendant des années, elle a utilisé un porte-bloc et une grille pré-imprimée. Cette saison, elle a décidé d'essayer de compter sur son téléphone avec Counter App, de GiveMeMood, tout en gardant une feuille papier en secours pour les premiers passages.
Voici comment elle pourrait s'organiser, ce qui se passe bien et ce qu'elle doit changer après la première journée.
Comment préparer un relevé en quadrats avant le terrain ?
Maren passe une soirée à son bureau à transposer le protocole dans l'application avant même de s'agenouiller dans l'herbe. L'application lui offre des catégories emboîtées sur trois niveaux maximum, des compteurs à l'intérieur et des étiquettes dans chaque compteur.
Elle opte pour :
- Catégorie de niveau 1 : le site, « Prairie Basse ».
- Niveau 2 : le transect, « T1 », « T2 », « T3 ».
- Niveau 3 : le passage, « Passage 1 mai », « Passage 2 juin », « Passage 3 juillet ».
- Compteurs : un par quadrat, nommés de « T1-Q01 » à « T1-Q10 ».
- Étiquettes : une par espèce indicatrice.
Elle épingle la catégorie du passage en cours pour qu'elle reste en haut de la liste. Les compteurs peuvent être dupliqués pour le passage suivant en important une sauvegarde en mode copie, mais elle préfère créer à neuf les quadrats de chaque passage, ce qui l'oblige à vérifier chaque nom par rapport au plan des placettes.
Un collègue lui suggère l'organisation inverse, avec les espèces comme compteurs et les quadrats comme étiquettes. Maren l'essaie sur papier et la rejette : son analyse traite le quadrat comme unité d'échantillonnage, et chaque ligne d'export doit correspondre à un quadrat.
Les étiquettes d'espèces et leurs réglages
Chaque compteur de quadrat reçoit les mêmes huit étiquettes, dans le même ordre et avec les mêmes couleurs : le rhinanthe en jaune, la centaurée noire en violet, le lotier corniculé en orange, et ainsi de suite. Assortir les couleurs aux fleurs est une petite astuce qui paie plus tard, quand elle est fatiguée et lit l'écran de biais.
Chaque étiquette a son propre pas, sa valeur, un objectif facultatif, un minuteur, un chronomètre, un lieu, un code-barres et des notes. Pour ses comptages de tiges, le pas reste à 1. Pour une graminée qu'elle relève par touffes de cinq, elle règle le pas de cette étiquette sur 5 et écrit « pas 5 = une touffe » dans la description du compteur.
Le lieu de l'étiquette est un texte saisi, « Prairie Basse T1 Q01 », car le GPS d'un téléphone n'est pas assez précis pour distinguer des quadrats espacés de quelques mètres. Elle enregistre tout de même un point GPS sur le premier quadrat de chaque transect, comme repère approximatif pour quiconque devra retrouver les placettes plus tard.
Une journée sur le terrain
Lors du premier passage, Maren progresse le long de T1 à genoux, le cadre en place. Elle ouvre le compteur du quadrat et utilise la vue Liste, où les huit espèces apparaissent en lignes avec leurs boutons moins et plus et leurs valeurs courantes.
Pour l'espèce la plus abondante, elle passe en vue « Simple ». Un grand compteur circulaire occupe l'écran et elle appuie sans vraiment regarder, les yeux sur les tiges. La fiche de l'étiquette en dessous affiche le lieu et la note la plus récente, ce qui lui permet de vérifier qu'elle est dans le bon quadrat.
Compter avec les boutons de volume
Le deuxième jour, elle active le comptage par boutons de volume dans les paramètres. Il est désactivé par défaut. Elle affecte le volume haut au plus et le volume bas au moins, donne à chacun sa propre vibration courte et laisse le son coupé. Elle peut ainsi tenir le téléphone d'une main et écarter la végétation de l'autre. Le comptage continue même écran éteint, grâce à un service de premier plan, et la notification de l'écran de verrouillage propose aussi des boutons moins, plus et Arrêter. Sur son téléphone, la barre de volume du système clignote encore brièvement, ce qu'elle apprend à ignorer.
Verrouiller les quadrats terminés
Quand un quadrat est terminé, elle verrouille son compteur. S'agenouiller, se relever et ranger un téléphone en poche provoque beaucoup de contacts accidentels, et le verrouillage les empêche de modifier des données terminées. Le déverrouillage ne demande qu'un seul appui délibéré.
Photos des spécimens délicats
Certaines plantes ne peuvent pas être identifiées avec certitude sur le terrain. Maren les photographie sur l'étiquette concernée, qui accepte jusqu'à six photos. Dans l'éditeur photo, elle trace une flèche rapide au pinceau, ajoute le code du quadrat en texte et redresse l'image par rotation. Plus tard, la galerie de toutes les photos affiche chaque image avec le libellé de son étiquette et sa date, ce qui facilite l'envoi d'un lot de spécimens incertains à une collègue qui connaît mieux les graminées.
Elle ajoute aussi des notes à certains événements de comptage : « deux pieds broutés, tiges seules comptées » ou « cadre décalé de 10 cm, repositionné ». Ces notes se retrouvent dans les exports, à côté des comptages.
Le rituel du soir
De retour à la voiture, Maren fait une courte vérification :
- Ouvrir l'écran « Toutes les notes » et lire toutes les notes de la journée, triées par heure.
- Ouvrir l'historique de tout quadrat dont le total surprend. Chaque événement affiche l'heure, le pas, les valeurs avant et après, le libellé de l'étiquette et des icônes pour les notes ou les photos.
- Comparer quelques totaux avec la feuille papier de secours.
- Créer un ZIP de sauvegarde avec photos, en ne sélectionnant que la catégorie du passage en cours, et le copier sur son ordinateur portable.
L'historique n'offre pas de recherche ; elle procède donc quadrat par quadrat. Le premier jour, elle découvre à la fin de T1-Q04 une série d'appuis sur moins dont elle ne se souvient pas. Les horodatages montrent qu'ils sont survenus pendant qu'elle retournait à la voiture : exactement le problème que le verrouillage résout. À partir de là, elle verrouille chaque quadrat.
Qu'est-ce qui a coincé le premier jour de terrain ?
Trois choses la piègent au début.
La première, c'est le nommage. Le premier jour, elle tape « T1Q1 » sur un compteur et « T1-Q02 » sur le suivant. Le tri de la liste des compteurs les range dans un ordre étrange, et elle renomme tout le soir même selon un format fixe complété par des zéros. La liste propose six ordres de tri, et le tri alphabétique n'est utile que si les noms sont cohérents.
La deuxième, c'est l'éblouissement de l'écran. Elle augmente l'échelle de police, choisit un thème à fort contraste et la taille prédéfinie la plus grande ; elle peut alors lire les valeurs en plein soleil.
La troisième, c'est la tentation d'ajouter des espèces en cours de route. Quand elle ajoute une neuvième étiquette au milieu de T2, les exports deviennent irréguliers. Sa règle désormais : les nouvelles espèces vont dans une note, et la liste des étiquettes ne change qu'entre deux passages.
Travailler avec un assistant de terrain
Lors du passage de juin, un étudiant, Théo, compte T3 sur son propre téléphone pendant que Maren s'occupe de T1 et T2. Il n'y a pas de synchronisation en direct entre les téléphones ; le plan est donc simple. Théo ne travaille que dans la catégorie T3 et, en fin de journée, il crée un ZIP de sauvegarde de cette catégorie.
Quand Maren l'importe, l'aperçu liste les compteurs et demande comment traiter les doublons : remplacer, copier ou ignorer. Comme T3 n'existe pas encore sur son téléphone, rien n'entre en conflit. Lors d'un passage ultérieur, alors que les deux téléphones contiennent une ancienne copie de T3, elle choisit de remplacer par les compteurs plus récents de Théo et conserve les fichiers ZIP comme archive datée.
Ils conviennent aussi d'échanger leurs téléphones sur deux quadrats et de les compter à l'aveugle, puis de comparer. Maren obtient ainsi une idée approximative des écarts entre observateurs sans monter d'étude formelle.
Comment comparer les comptages en quadrats d'un passage à l'autre ?
Entre deux passages, le tableau de bord de chaque compteur de quadrat donne à Maren un aperçu rapide : le total, les incréments face aux décréments, un histogramme d'activité sur sept jours et un diagramme circulaire par espèce. Le diagramme circulaire n'est pas une analyse, mais il montre d'un coup d'œil que T2-Q07 est dominé par une seule espèce alors que ses voisins sont mélangés, ce qui l'incite à vérifier la limite de la placette au passage suivant.
Elle fait la vraie comparaison dans un tableur, pas sur le téléphone, car les passages sont dans des catégories distinctes et l'application n'est pas conçue pour des statistiques entre passages.
Fin de saison : l'analyse
En août, Maren exporte en CSV les compteurs de chaque passage. Dans les options d'exportation, elle coche « Résumé » et « Emplacements », ajoute « Notes » pour mémoire et laisse « Événements » décoché, car elle n'a pas besoin de chaque appui individuel. Le « Résumé » donne un total par espèce et par quadrat, et la section « Emplacements » contient ses codes de quadrats saisis.
Elle charge les fichiers dans R, les assemble par passage et les restructure en matrice quadrats × espèces. Un export Excel part chez le propriétaire du terrain, et un rapport HTML avec photos intégrées rejoint les archives du projet, puisqu'il se lit très bien sans aucun logiciel.
Le recommanderait-elle ?
Dans ce scénario, le verdict de Maren est prudent. Elle l'utiliserait de nouveau pour des protocoles de comptage avec une liste d'espèces fixe, et elle apprécie que les comptages soient stockés sur son téléphone, sans compte et sans cloud Counter App. Elle ne l'utiliserait pas pour des estimations de recouvrement en pourcentage ni pour des relevés où la liste d'espèces reste ouverte, et elle garde toujours un crayon sur elle.
Détails pratiques
- Fonctionne sur Android 12 ou version ultérieure ; téléchargement gratuit, sans publicité ; essayez l'application gratuitement pendant 3 jours, puis choisissez un abonnement annuel ou mensuel, ou un achat unique à vie.
- Tout le comptage fonctionne hors ligne ; les fonds de carte et la recherche de mises à jour utilisent Internet lorsqu'il est disponible.
- 37 langues d'interface, 10 polices et 5 formats de date.
- Un compteur supprimé par accident sur le terrain peut être récupéré dans la corbeille.
Téléchargez l'application sur counterapp.online.
Questions fréquentes
La botaniste de cet article existe-t-elle ?
Non. Maren est un personnage d'illustration ; le site, la liste d'espèces et les chiffres sont inventés pour montrer une méthode de travail, pas pour rendre compte d'une recherche.
Chaque quadrat de végétation peut-il avoir son propre lieu enregistré ?
Oui. Une étiquette peut contenir des coordonnées GPS, un point choisi sur une carte ou un texte saisi, comme un code de placette et de quadrat.
Une application de comptage de plantes peut-elle enregistrer un recouvrement en pourcentage ?
Counter App compte des nombres entiers avec un pas de 1 à 100. Certains utilisent la valeur d'une étiquette comme classe de recouvrement ou comme estimation en pourcentage, mais cela reste un compteur et non un outil dédié au recouvrement.
Comment les comptages en quadrats arrivent-ils dans R ou dans un tableur ?
Exportez en CSV ou en Excel et choisissez lesquelles des sections « Résumé », « Événements », « Notes » et « Emplacements » inclure. Le CSV s'ouvre dans R, Python ou n'importe quel tableur.
Un assistant de terrain en botanique peut-il compter des quadrats sur un second téléphone ?
Oui, mais sans synchronisation en direct. L'assistant envoie un ZIP de sauvegarde ou un export, et à l'importation, Maren décide si les compteurs en double sont remplacés, copiés ou ignorés.
Pourquoi un texte saisi vaut-il mieux que le GPS pour localiser de petits quadrats ?
Le GPS d'un téléphone n'est généralement pas assez précis pour distinguer des quadrats espacés de quelques mètres. Un code saisi comme « Prairie Basse T1 Q01 » identifie la placette de façon fiable, un point GPS n'étant conservé que comme repère approximatif du transect.
Une graminée relevée par touffes peut-elle être comptée avec un pas différent ?
Oui. Chaque étiquette a son propre pas, de 1 à 100 ; une espèce comptée par touffes peut donc utiliser un pas de 5 tandis que les comptages de tiges restent à 1.
